Lencana Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Segamat telah direka oleh seorang pensyarah dari Universiti Teknologi Malaysia (UTM). Ia dicipta pada tahun 1989 berikutan dengan pembukaan sekolah ini.
Lencana ini mempunyai reka bentuk yang bermiripkan ciri-ciri Islam bersesuaian dengan nama sekolah dan hasrat penubuhan sekolah ini.
Bentuk kubah menunjukkan ciri-ciri Islam. Di tengah-tengah kubah ini terdapat lambang buku yang menunjukkan bahawa buku memainkan peranan penting di samping perkataan "Iqra" yang merupakan teras perkembangan kepada Islam.
Keris pula melambangkan ketuanan Melayu dan para pelajar Melayu yang beragama Islam.
Bintang-bintang di tengah-tengah melambangkan ciri-ciri Islam yang padu dan kerjasama yang erat antara tenaga pengajar dan para pelajar.
"Ilmu, Iman dan Amal" adalah merupakan motto sekolah ini. Ilmu bermakna pelajar datang untuk menuntut ilmu. Para pelajar dan pengajar beriman kepada Allah dan mengamalkan segala ilmu yang telah dipelajari samada ilmu akademik atau pun ilmu agama.