Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Segamat merupakan sebuah sekolah harian berasrama yang telah dibangunkan di suatu kawasan seluas 28 ekar milik kerajaan, kira-kira 5 km dari bandar Segamat. Ia merupakan salah sebuah dari empat buah Sekolah Menengah Kebangsaan Agama di negeri Johor. Sekolah ini dirancang oleh Kementerian Pendidikan Malaysia (Jabatan Pendidikan Islam dan Moral) bagi memenuhi matlamat mengimbangi antara pendidikan sekular dengan pendidikan Islam. Sekolah ini mula dibangunkan pada awal 1987 dan mulai beroperasi pada 3 Januari 1988. Pada tahun 2000 sekolah ini telah terpilih dalam Projek Rintis Sekolah Bestari dan telah menjadi Sekolah Bestari sepenuhnya pada tahun 2003.
